В июле 1941 года Э. Г. Казакевич, освобождённый от призыва из-за сильной близорукости, поменялся очками с братом и записался в ополчение. В своих письмах он писал: «...Каждый мыслящий человек должен теперь быть в армии». С весны 1943 он – военный разведчик, к концу войны – майор, помощник начальника разведки армии. Э. Г. Казакевич был удостоен восьми боевых орденов и медалей, в том числе двух орденов Красной Звезды, двух орденов Отечественной войны, медалей «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 – 1945 гг.» и «За взятие Берлина».

В литературу Э. Г. Казакевич вошёл благодаря повести «Звезда», опубликованной в январе 1947 года в журнале «Знамя». Повесть, повествующая о группе советских разведчиков, отдавших свои жизни, чтобы получить и передать через линию фронта сведения о развертывавшейся эсесовской танковой дивизии, имела колоссальный успех. Александр Твардовский после её прочтения назвал автора «великолепным русским прозаиком». С 1947 по 1989 год «Звезда» была выпущена отдельными изданиями 51 раз, французские газеты назвали её «самым правдивым произведением о войне». Дважды повесть была с успехом экранизирована. В 1948 году свет увидела повесть «Двое в степи», повествующая о лейтенанте, обвинённом в гибели дивизии, преодолевающим свои сомнения и страх.

Как большинство писателей-фронтовиков, Эммануил Казакевич до конца жизни писал о людях на войне: в 1949 году выходит роман «Весна на Одере», в 1953 – повесть «Сердце друга». В 1954-м Казакевич начал писать свой последний роман на военную тему «Дом на площади». Литературный путь Э. Казакевича был нелёгким, нередко ему приходилось сражаться с критиками, обвинявшими автора в «приземлённости» и «попытке реабилитации» бойцов, попавших в плен. Константин Паустовский отзывался о Казакевиче как о «безмерно талантливом писателе, обладавшим разящим умом, храбростью простого солдата».

Проза Эммануила Казакевича, наполненная драматизмом и особой лиричностью, стала выдающимся образцом литературы о Великой Отечественной войне.